Thuế TMĐT: Sàn khấu trừ, doanh nghiệp vẫn phải đối soát

Từ ngày 01/07/2025, các sàn TMĐT có chức năng thanh toán tại Việt Nam như Shopee, Lazada, Tiki và TikTok Shop có trách nhiệm khấu trừ, khai thay và nộp thay thuế cho người bán nhằm giảm bớt thủ tục hành chính. Tuy nhiên, điều đó không đồng nghĩa với việc công tác kế toán trở nên đơn giản hơn. Khi sàn thực hiện nghĩa vụ thuế thay người bán, doanh nghiệp vẫn phải đảm bảo dữ liệu doanh thu, chi phí và các khoản thuế được ghi nhận chính xác để phục vụ đối soát, lập báo cáo tài chính và giải trình với cơ quan thuế. Đây cũng là điểm nhiều doanh nghiệp dễ bỏ sót khi triển khai quy định mới.

1. Nghị định 117/2025/NĐ-CP thay đổi điều gì trong dòng tiền của người bán?

Nghị định 117/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/07/2025, quy định các nền tảng TMĐT có chức năng thanh toán phải khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế GTGT và thuế TNCN cho người bán trước khi thanh toán doanh thu. 

Điểm thay đổi quan trọng không nằm ở mức thuế phải nộp mà ở thời điểm khấu trừ. Theo Điều 5, thuế được khấu trừ ngay khi giao dịch được xác nhận thành công và chấp nhận thanh toán, thay vì đến cuối kỳ kê khai hoặc khi sàn giải ngân. Điều này đồng nghĩa với việc nghĩa vụ thuế phát sinh trên từng đơn hàng tại thời điểm bán, khiến dòng tiền doanh nghiệp nhận được luôn là số tiền đã khấu trừ.

Tỷ lệ khấu trừ tính trên doanh thu của mỗi giao dịch:

 

Nếu nền tảng không xác định được giao dịch là hàng hóa hay dịch vụ, tỷ lệ cao nhất sẽ được áp dụng. Chi tiết đầy đủ có trong toàn văn Nghị định 117/2025/NĐ-CP.

Hai chi tiết vận hành đáng chú ý: sàn kê khai số thuế TMĐT đã khấu trừ theo tháng, và với giao dịch bị hủy hoặc trả lại hàng thì sàn bù trừ số thuế TMĐT đã khấu trừ vào kỳ kê khai kế tiếp. Cả hai đều tạo ra độ trễ giữa con số sàn báo và con số doanh nghiệp ghi nhận.

2. Doanh nghiệp có thực sự hết nghĩa vụ khi sàn đã khấu trừ thuế?

Câu trả lời ngắn là: hết nghĩa vụ kê khai đối với phần thuế TMĐT đã được sàn khấu trừ, nhưng chưa hết nghĩa vụ quản lý và đối soát số liệu.

Theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, đối với các giao dịch đã được khấu trừ thuế TMĐT, người bán không phải kê khai và nộp lại thuế GTGT, thuế TNCN đối với phần doanh thu đã được sàn thực hiện nghĩa vụ thay. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải đảm bảo thông tin đăng ký thuế cung cấp cho sàn là chính xác, đồng thời tiếp tục thực hiện các nghĩa vụ thuế TMĐT khác nếu phát sinh, như thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường hoặc thuế tài nguyên theo quy định. Đối với các giao dịch trên nền tảng không có chức năng thanh toán, nghĩa vụ đăng ký, kê khai và nộp thuế TMĐT vẫn thuộc về chính người bán.

Điểm đáng lưu ý là nghĩa vụ kê khai thuế TMĐT giảm, nhưng yêu cầu đối soát doanh thu sàn TMĐT lại tăng lên. Khi khấu trừ thuế TMĐT được thực hiện theo từng giao dịch, doanh nghiệp chỉ nhận số tiền sau khấu trừ. Vì vậy, việc đối soát doanh thu sàn TMĐT với số thuế TMĐT đã khấu trừ, các khoản phí và số tiền thực nhận trở thành bước bắt buộc để đảm bảo số liệu kế toán chính xác, đồng thời phục vụ việc lập báo cáo tài chính và giải trình với cơ quan thuế khi cần.

3. Ba sai lệch phổ biến khi đối soát doanh thu sàn TMĐT

3.1. Ghi nhận doanh thu theo số tiền thực nhận 

Theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, doanh thu của mỗi giao dịch là toàn bộ số tiền bán hàng hóa, dịch vụ mà người bán được hưởng, trước khi trừ phí nền tảng và khấu trừ thuế trên sàn TMĐT. Vì vậy, số tiền thực nhận chỉ là khoản còn lại sau các khoản khấu trừ, không phải doanh thu của giao dịch.

Nếu doanh nghiệp ghi nhận doanh thu theo số tiền thực nhận, doanh thu sẽ bị ghi nhận thấp hơn thực tế, chi phí nền tảng không được phản ánh đầy đủ và khoản thuế TMĐT đã được sàn nộp thay cũng dễ bị bỏ sót. Kết quả là Báo cáo Kết quả Kinh doanh (P&L) không phản ánh đúng quy mô doanh thu và hiệu quả vận hành.

3.2. Gộp thuế TMĐT đã khấu trừ vào chi phí sàn

Phí nền tảng là chi phí doanh nghiệp trả để sử dụng dịch vụ của sàn. Trong khi đó, khấu trừ thuế trên sàn TMĐT là khoản thuế TMĐT sàn nộp thay doanh nghiệp theo quy định của Nghị định 117/2025/NĐ-CP. Hai khoản này có bản chất hoàn toàn khác nhau và cần được hạch toán riêng.

Nếu gộp cả hai vào một khoản "khấu trừ của sàn", doanh nghiệp sẽ gặp khó khăn khi đối soát doanh thu sàn TMĐT với chứng từ khấu trừ thuế do sàn cung cấp. Điều này cũng làm giảm khả năng kiểm chứng số thuế TMĐT đã được khấu trừ và nộp thay khi quyết toán hoặc giải trình với cơ quan thuế.

3.3. Bỏ qua giao dịch bị hủy và hoàn hàng

Theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, khấu trừ thuế trên sàn TMĐT đối với các đơn hàng bị hủy hoặc hoàn trả sẽ được bù trừ vào kỳ kê khai tiếp theo. Điều này tạo ra độ lệch thời gian giữa dữ liệu giao dịch và dữ liệu thuế.

Nếu doanh nghiệp chỉ ghi nhận giao dịch hoàn hàng mà không đối soát doanh thu sàn TMĐT với phần thuế được bù trừ ở kỳ sau, chênh lệch sẽ tích lũy theo từng tháng. Với những doanh nghiệp có tỷ lệ hoàn đơn cao, sai lệch này có thể ảnh hưởng đáng kể đến số liệu kế toán và Báo cáo tài chính cuối năm.

4. Ngưỡng doanh thu và quyền hoàn thuế: vì sao số liệu cả năm phải khớp

Từ ngày 01/01/2026, hộ và cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở xuống thuộc diện không phải nộp thuế GTGT và thuế TNCN. Cùng thời điểm, phương pháp thuế khoán cũng được bãi bỏ, chuyển sang cơ chế tự khai, tự nộp. Theo Điều 10 Nghị định 117/2025/NĐ-CP, nếu trong năm người bán đã bị sàn khấu trừ và nộp thuế thay nhưng tổng doanh thu vẫn thuộc diện không phải nộp thuế, họ có quyền đề nghị hoàn lại phần thuế đã nộp thừa.

Để thực hiện quyền này, điều quan trọng không chỉ là hiểu quy định mà còn là đối soát doanh thu sàn TMĐT một cách chính xác. Với những doanh nghiệp bán hàng trên nhiều sàn hoặc nhiều kênh khác nhau, mỗi nền tảng có chu kỳ đối soát và báo cáo riêng, việc tổng hợp doanh thu cả năm không còn là phép cộng đơn giản. Chỉ khi số liệu được đối chiếu đầy đủ giữa các nền tảng và chứng từ thuế, doanh nghiệp mới có cơ sở xác định đúng nghĩa vụ thuế và thực hiện thủ tục hoàn thuế khi đủ điều kiện.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hệ thống dữ liệu như thế nào?

Khi thuế TMĐT được sàn khấu trừ và nộp thay, doanh nghiệp không chỉ cần lưu trữ chứng từ mà còn phải xây dựng một hệ thống dữ liệu đủ chi tiết để đối soát. Điều này đặc biệt quan trọng với những doanh nghiệp bán hàng trên nhiều sàn hoặc nhiều kênh, nơi mỗi nền tảng có cách tính phí, chu kỳ thanh toán và báo cáo khác nhau.

Để đối soát doanh thu sàn TMĐT chính xác, doanh nghiệp nên đảm bảo hệ thống dữ liệu đáp ứng tối thiểu các yêu cầu sau:

• Tách riêng doanh thu gộp, phí nền tảng, thuế đã được sàn khấu trừ và số tiền thực nhận cho từng giao dịch.

• Đối chiếu chứng từ khấu trừ thuế do sàn cung cấp với sổ chi tiết theo từng nhóm giao dịch (hàng hóa, dịch vụ, vận tải).

• Chuẩn hóa mã số thuế hoặc số định danh trên tất cả các gian hàng để tránh sai lệch trong quá trình khấu trừ thuế trên sàn TMĐT.

• Ghi nhận đầy đủ các giao dịch hoàn hàng, hủy đơn và khoản thuế được bù trừ đúng kỳ phát sinh.

• Tổng hợp doanh thu của tất cả các kênh theo năm dương lịch để xác định đúng ngưỡng doanh thu và nghĩa vụ thuế.

6. Genbook: Đưa dữ liệu sàn TMĐT về đúng chuẩn mực kế toán

Từ khi quy định khấu trừ thuế trên sàn TMĐT được áp dụng, thách thức của doanh nghiệp không chỉ nằm ở việc tuân thủ quy định mà còn ở khả năng quản lý dữ liệu. Mỗi sàn có một cấu trúc báo cáo, chu kỳ đối soát và cách thể hiện các khoản khấu trừ khác nhau. Nếu không được chuẩn hóa, doanh nghiệp sẽ mất nhiều thời gian để đối soát doanh thu sàn TMĐT, lập báo cáo tài chính và giải trình số liệu khi cần.

Genbook giúp tập trung dữ liệu từ nhiều sàn TMĐT vào một hệ thống thống nhất, tự động phân tách doanh thu gộp, phí nền tảng, thuế đã khấu trừ và số tiền thực nhận ở cấp độ từng giao dịch. Dữ liệu sau đó được chuẩn hóa theo chuẩn mực kế toán, giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian đối soát, lập báo cáo tài chính và chuẩn bị hồ sơ phục vụ quyết toán hoặc hoàn thuế.

Trải nghiệm Genbook miễn phí trong 1 tháng để chuẩn hóa dữ liệu TMĐT và đơn giản hóa công tác đối soát kế toán.

Nguồn tin: https://vanban.chinhphu.vn/?pageid=27160&docid=213883